農業生態環境得到保護，零面源污染
沒有健康的生態農業無從談生態農業。農業重點害蟲和雜草其實都是自然界正常的物種，能夠用物理方法干擾控制的，盡量不用化學辦法，能夠恢復生態平衡，對產量不造成明顯影響的，盡量減少人為干預，既節約了人工成本，還保護了生態環境。生態農業可以用少量的農藥，主要是應急之用。可以用少量的化肥，但化肥利用效率高，用量少。根據我們的前期研究，如果發展生態農業，將目前90%以上的農藥和50%以上的化肥停下來，對產量影響并不大。
質量高，口感好，很少農藥殘留或零農殘
由于前期投入的化學物質非常少，且盡量投入可降解的生物農藥或低毒農藥，再加上自然界的自凈能力，以大量的有機肥為主，這樣的農業產品口感是好的，即很多上世紀50-70出生的年代小時候的味道。最終產品是經得起農藥殘留檢測的。如果農產品后期檢測出多種農藥殘留，那根本就不能稱生態農業。
單位土地經濟效益高
目前由于采取粗放式的化學辦法種地，雖然產量相對高，但價格便宜，有時市場不好還會爛在地里，資源浪費嚴重。提高經濟效益的辦理有兩種，要么繼續擴大土地規模，但質量不提高價格不變，使經營者有利可圖；要么提高產品質量，價位提高，加上生態農業不減產，一畝效益等于幾畝，這樣的話，對于消費者和生產者都是好事。前者購買了放心食品，保護了自身與家人健康，后者增加了收入，更愿意向土地中投入優質勞動。
種養結合，種植多樣化，間作套種，立體種植
這是生態農業的最大優點。生態農業的大量肥料來自系統本身，六畜興旺才能五谷豐登。在少量的土地面積上，可以提供大量的食物種類，豆科與禾本科植物間作套種，可以直接利用空氣中的氮源，立體種植也能夠實現。生態農業的食物多樣性是其他農業方式做不能比擬的。物種多樣性豐富，系統就穩定，抗風險能力就高。據估計，在北方一個千人左右的存在，可以提供的食物種類近百種，而美國農業模式，幾百甚至幾千平方公里內只能生產一兩種食物，要么玉米要么小麥。不要說搞間作套種，就是聯茬種植業做不到，他們的農業根本就沒有人氣，幾十平方公里難見到一個人。
生態農業產量高
生態農業產量并不低，由于用地養地，被帶走的養分通過有機肥或少量化肥補充，更關鍵的是，由于化學物質少，土壤動物和土壤微生物豐富，這些生物就間接將土壤中的礦物質釋放出來，供植物根系吸收。這樣模式下，如果堅持長期樣地，產量是穩步增加的。
水分與養分利用率高
由于生態農業尊重動植物生長規律，因地制宜，根據農業的氣候特點安排種植和養殖，重在與自然規律相一致，遵守24節氣的農時，其水分、養分利用效率高，加上有飼養的動物，鄉村餐余和作物秸稈都能夠利用，增加了資源利用效率。所有這一切要實現，必須有人氣，人在其中起到非常大的作用。
讓動物快樂少生病少用藥少用抗生素
生態農業拒絕集約化養殖，讓動物們盡量在良好的生態環境下生長，盡量接地氣，互相嘻戲并快樂生長，這就增加了動物福利，從源頭減少乃至杜絕了獸藥和抗生素使用。如草原養的雞很少生病，還捎帶控制了草原蟲害。
實現耕地固碳，由碳排放逆轉為碳吸收
據研究現代農業模式下，每公頃每年釋放二氧化碳當量2.7噸，而有機農業凈吸收二氧化碳8.8噸。這就是說，減少化肥使用，增加耕地有機質，可將溫室氣體埋藏到地下，這個功能是生態農業的副產物。
生態農業可全面帶動農民就業
由于優質優價，加上生態環境優美，對城市人群有很強的吸引力。農業要素容易變成商業要素，從養殖到種植，從收獲到加工，從加工到銷售，從餐飲到觀光旅游，從保健到養生到養老，鄉村可以就地城鎮化，吸引農二代、大學生二代，乃至城市精英就業。這樣的話，遍布全國的400萬個鄉村如發展生態農業，可能成為新的經濟增長點。
